Actualmente trabajo en un lugar donde se aplica un formato de código estándar y el código se formatea automáticamente al guardar el archivo, tal como está a punto de hacerlo. Como nuevo miembro de la compañía, encontré que las reglas comunes de formato me dieron una sensación cálida y confusa de que "estos chicos saben lo que están haciendo", por lo que no podría estar más feliz. ;) Como nota relacionada, con las reglas de formato comunes también aplicamos ciertas configuraciones de advertencia del compilador bastante estrictas en Eclipse, con la mayoría de ellas configuradas en Error, muchas configuradas en Advertencia y casi ninguna configurada en Ignorar.
Yo diría que hay dos razones principales para imponer un formato de código único en un proyecto. Primero tiene que ver con el control de versiones: con todo el mundo formateando el código de manera idéntica, se garantiza que todos los cambios en los archivos serán significativos. No se limite a agregar o quitar un espacio aquí o allá, y mucho menos reformatear un archivo completo como un "efecto secundario" de cambiar realmente solo una línea o dos.
La segunda razón es que hace que los egos de los programadores salgan de la ecuación. Con todo el mundo formateando su código de la misma manera, ya no se puede decir tan fácilmente quién ha escrito qué. El código se convierte en una propiedad más anónima y común, por lo que nadie debe sentirse incómodo por cambiar el código de "alguien más".
Esas son las razones principales, hay otras también. Me resulta reconfortante no tener que preocuparme por pensar en el formato del código, ya que Eclipse lo hará automáticamente cuando guarde. Es sin preocupaciones, como escribir documentos con LaTeX: se formatea después y no tiene que preocuparse por eso mientras escribe. También he trabajado en proyectos donde todos han tenido sus propios estilos. Luego tienes que pensar en temas estúpidos y sin sentido, como si está bien modificar el código de otra persona en tu propio estilo, o si deberías intentar imitar su estilo.
El único argumento en contra de la configuración de formato de código común que se me ocurre para su caso es que aparentemente es un proyecto en curso, por lo que causará muchos cambios innecesarios en todos los archivos, desordenando los historiales de archivos reales. El mejor escenario es si puede comenzar a aplicar la configuración desde el principio de un proyecto.